Pasaba la noche del 26 de abril de 1998 cuando dentro de la casa parroquial San Sebastián ocurrió un hecho que conmocionó a la población guatemalteca.
El obispo Juan José Gerardi Conedera, principal figura de la iglesia católica vinculada al esclarecimiento de la violencia del conflicto armado, fue asesinado a golpes. Su cadáver quedó tendido en el zaguán del inmueble y a la par de su cabeza fue localizada una piedra con manchas de sangre, la cual fue utilizada como arma.
Dos días antes del crimen fue publicado el informe para la Recuperación de la Memoria Histórica (REMHI): “Guatemala, nunca más”. El documento fue un esfuerzo para conocer las atrocidades de la guerra interna que se vivió desde inicios de la década de 1960 hasta la firma de la paz, el 29 de diciembre de 1996.
Por el crimen fueron capturados, procesados y condenados cuatro hombres, tres militares y un sacerdote. Los vinculados fueron declarados como autores materiales de la muerte de Gerardi Conedera y sentenciados a cumplir penas de prisión de 30 años, la cual, con posterioridad, fue disminuida en 10 años.
De esa cuenta, el 8 de junio de 2001 el Tribunal Tercero de Sentencia Penal condenó al coronel Byron Disrael Lima Estrada, a su hijo el capitán Byron Miguel Lima Oliva, al especialista Obdulio Villanueva, y al sacerdote Mario Orantes por la muerte del prelado, tres de ellos ya fallecieron.