En mayo del 2012 la Policía Nacional Civil (PNC) capturó a Alfonso Rafael Menéndez Castillo, quien ese momento tenía 19 años de edad, como el principal sospechoso del crimen de su padre.
El ingeniero Rafael Estuardo Menéndez de León de 60 años edad, fue acribillado a balazos cuando salió de casa en Vista Hermosa I, zona 15 de la ciudad capital el 21 de marzo de ese mismo año.
El 18 de julio del 2013 un tribunal lo sentenció a 29 años de cárcel por el delito de parricidio.
El 21 de enero del 2015 la Sala Segunda de la Corte de Apelaciones anuló la sentencia y ordenó repetir el juicio. Una de las pruebas que cuestiona el abogado defensor es un video de grabación del crimen, en este no se logra establecer que sea su patrocinado quien accionó el arma de fuego.
En la repetición del juicio con los jueces del Tribunal Noveno de Sentencia Penal, la defensa jurídica propuso a un perito, quien concluyo que la persona que aparece en el video no es Alfonso Rafael Menéndez Castillo.
Según la perito Claudia Rivera, se analizó la escena del crimen y se midieron las características físicas del privado de libertad para establecer que no es la persona que aparecen en el video de la escena criminal.
Según la hipótesis penal del Ministerio Público (MP) Alfonso Rafael Menéndez Castillo cometió el crimen en contra de su padre para cobrar un seguro de vida.
También cabe mencionar que en el 2016 a Menéndez Castillo, tras una requisa realizada a la cárcel de Fraijanes 1, se le encontró en su celda, drogas, un teléfono celular y una computadora con acceso a internet. En su momento, autoridades penitenciarias indicaron que enfrentaría un nuevo proceso proceso legal por tenencia ilegal en el interior de una prisión.
Desatención de salud mental pudo ocasionar parricidio